Ses premières expériences RH se sont déroulées chez Toyota où elle a travaillé dix ans comme généraliste RH. En 1998, Anne Goovaerts a rejoint ExxonMobil où elle a travaillé sept ans dans un rôle de HR Business Partner.
L’étape suivante la menée chez Norsk Hydro, d’abord en tant que HR Manager Benelux, puis comme Head of HR outside the Nordic countries. Depuis 2009, elle était Human Capital Director chez Agoria.