Ze begon haar carrière voor de klas (HAM Hogeschool Mechelen) en maakte naam in HR bij Belgacom. Ze startte er in juni 1997 als training & development consultant voor de Residential Customers-divisie en werd later Talent Development Manager voor de Belgacom Group. In december 2001 werd Missotten HR-manager, achtereenvolgens van het Corporate Sales Department, de Enterprise Solutions-divisie (2002) en de Corporate Unit-divisies (2004).
In februari 2005 stapte Missotten over naar Glaxosmithkline als HR Director Business Support. In 2009 werd ze benoemd tot Executive Director HR & Communications bij Glaxosmithkline Pharma Belgium.
In mei 2011 ging Annelies Missotten aan de slag als HR Director bij Pepsico International Belux, een onderdeel van PepsiCo Groep, het tweede grootste voedingsmiddelenconcern ter wereld met meer dan 285.000 werknemers, activiteiten in 200 landen en een omzet van bijna 60 miljard dollar. In BelgiĂ« stelt de groep zo’n 900 mensen tewerk, in het hoofdkantoor in Zaventem en drie fabrieken in Borgloon, Veurne en Zeebrugge.
“Bij PepsiCo zijn we ervan overtuigd dat duurzame groei met aandacht voor voeding en gezondheid, milieu en mensen de enige manier is om ons bedrijf ook in de toekomst succesvol te laten zijn. Daarom investeren we in een gezondere toekomst voor de mens en het milieu door zakelijke doelstellingen hand in hand te laten gaan met maatschappelijke verantwoordelijkheid. Deze visie van ons bedrijf heet ‘Performance with Purpose’, en steunt op drie pijlers: voeding en gezondheid, milieu en onze mensen. We willen dat ons bedrijf een prettige werkplek is, waar collega’s de middelen en kansen krijgen om zichzelf te ontwikkelen en hun projecten te doen slagen. We noemen dit Talent Sustainability.”