In december 2001 werd Missotten HR-manager, achtereenvolgens van het Corporate Sales Department, de Enterprise Solutions-divisie en de Corporate Unit-divisie.
Bij GSK Pharma staan Annelies Missotten tal van uitdagingen te wachten. In januari werd, met het oog op de steeds complexer wordende farmaceutische markt en de verhoogde concurrentie, een nieuwe organisatiestructuur ingevoerd. Het is nu onder meer haar taak om de nieuwe organisatie te ondersteunen door een duidelijke vernieuwing van cultuur en dus door change management op alle vlakken: organisatorisch en qua management development, het duidelijk afstemmen van de HR-strategie op de business-strategie en het vereenvoudigen en verduidelijken van heel wat procedures en policies die de verandering ondersteunen.
Naast haar rol als HR generalist-business partner begeleidt Annelies Missotten ook een aantal Europese projecten met lokale impact, zoals de sluiting van de site in Erembodegem omwille van de transfer van de distributieactiviteiten naar GSK Frankrijk.
