Het grote probleem was totnogtoe de manier waarop de scheepvaartbedrijven werden getaxeerd. Het leidde in de jaren tachtig en negentig tot een uitvlagging van de volledige Belgische vloot naar landen met een aantrekkelijker fiscaal regime. In navolging van een aantal andere Europese landen heeft nu ook België een specifiek belastingsysteem ingevoerd voor scheepvaartbedrijven. De belastinghervorming resulteert in een daling van de inkomsten voor de Belgische staat, maar tegelijk wijst de Belgische Redersvereniging erop dat de verderzetting van het beleid waarbij de meeste Belgische schepen zijn uitgevlagd de komende jaren de overheid nog veel meer inkomsten zal kosten. Vooral door de daling van de Belgische werkgelegenheid maar ook door de terugval van de bestedingen in de Belgische economie. Vandaag is de Belgische scheepvaartindustrie nog goed voor bijna 11.500 rechtstreekse en onrechtstreekse arbeidsplaatsen, van wie 8.750 worden bezet door Belgen. De voorbije jaren moesten de koopvaardij en de baggerbedrijven echter meer en meer een beroep doen op buitenlands geschoold personeel omdat ze in eigen land geen mensen meer vinden om de vacatures op te vullen. Volgens de Rederijvereniging is dat een gevolg van de uitvlagging en de afwezigheid van een sterke Belgische vlag. Met het nieuwe vlag-beleid verwacht de vereniging een geleidelijke stijging van de rechtstreekse en onrechtstreekse werkgelegenheid in de Belgische maritieme industrie. Van 11.600 in 2005 naar 14.300 in 2020, van wie bijna 11.000 banen in België.
