Mestdagh startte in 2003 zijn carrière als wetenschappelijk medewerker aan de Universiteit Gent. In januari 2006 werd hij diensthoofd Personeel en Organisatie van de gemeente Wetteren. Daar was hij onder meer verantwoordelijk voor het uitbouwen en implementeren van een HR-beleid en een competentie- en performantiemanagement.
Sinds mei 2011 is Jurgen Mestdagh afdelingshoofd HR binnen het departement Facility Management (FM) van Stad Gent. Hij is er verantwoordelijk voor het uitwerken en implementeren van een strategisch HR-beleid voor het departement Facility Management.